Um pedaço de madeira retirado de uma árvore sagrada, que seria o corpo da deusa kannagi, é transformado em uma bela escultura em forma de garota por um adolescente chamado Mikuriya Jin. Na verdade, esta garota seria a deusa que Jin acredita ter visto quando criança.

Finalmente pronta a escultura, Jin leva esta para fora e então acontece algo inesperado. A escultura é despedaçada e de dentro dela surge uma garota idêntica a que Jin acreditara ter visto quando criança. Tanto Jin quanto a garota ficam sem entender a situação por um tempo. Até que eles conseguem se acalmar e conversar.

A garota diz ser a deusa Kannagi e acusa Jin de ter feito algo Terrível ao partir a árvore para fazer uma escultura. E ele explica que a árvore havia sido cortada e que o pedaço de madeira da qual a escultura foi feita havia sido entregue por seu amigo Daitetsu.

Após mais um tempo, a garota que passou a ser chamada Nagi decide que viverá na casa de Jin e que ele irá ajudar ela a acabar com as impurezas pois neste corpo ela não tem muito poder para isso. Jin apesar de contestar no fim acaba sem opção e aceita.

Daí em diante a vida do pobre garoto Jin se torna uma bagunça , mas aos poucos ele passa a se divertir também com a vida junto de Nagi, que acaba por se viciar em tv, especialmente em animes mahou shoujo e até compra um báculo muito parecido com os usados por mahou shoujos para ajudar na eliminação das impurezas…